Un equip de l'I2SysBio troba errors en les seqüències genètiques del coronavirus incloses en la major base de dades mundial

Un estudi liderat per l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio) descobrix ‘artefactes’ en les seqüències amb reparació de les delecions del virus que provoca la COVID-19, la qual cosa afecta la infecció i a la resposta a vacunes. Moltes de les seqüències amb reparació de mutacions en la proteïna spike del virus, la clau per a infectar les cèl·lules humanes, es van deure a errors en el processament de dades  

Un equip multidisciplinari liderat per l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio), situat en l'àrea científic-acadèmica del Parc Científic de la Universitat de València, i centre mixt del Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC) i la Universitat de València (UV), acaba de publicar un estudi que descobrix una nova perspectiva sobre la capacitat del virus SARS-CoV-2 per a mutar i infectar als humans. Mitjançant una revisió de la base de dades genètics del virus més utilitzada durant la pandèmia, l'equip d'investigació va trobar ‘falsos positius’ en la seua capacitat de reparació de les delecions, un procés que restaura seccions del genoma viral que afecta la capacitat del virus per a replicar-se o evadir el sistema immunològic de l'hoste. En el treball, publicat en la revista Virus Evolution, participen investigadors de l'Institut de Biomedicina de València (IBV) del CSIC i de l'Institut d'Investigació Sanitària La Fe (IIS-La Fe).

El treball liderat pel grup de Patogenómica de l'I2SysBio en col·laboració amb el grup de Biologia Viral del mateix institut oferix una perspectiva innovadora sobre uns certs canvis genètics rars en la proteïna spike del SARS-CoV-2, la ‘clau’ que utilitza el coronavirus per a infectar les nostres cèl·lules. La investigació es va centrar en els anomenats esdeveniments de reparació de delecions en esta proteïna, en els quals el virus aparenta corregir el seu genoma.

Després de realitzar un minat de dades massiu en la base de dades de genomes del virus SARS-CoV-2 més usada en la pandèmia, anomenada GISAID, van descobrir que diversos de les troballes inicials es devien probablement a errors introduïts pel processament de dades en grans bases de dades genètiques. Els mètodes informàtics emprats per a analitzar milions de seqüències virals poden induir equivocacions, generant la impressió que el virus repara les seues delecions amb major regularitat. En comparar estes dades ja processades amb la informació obtinguda directament de la seqüenciació de genomes (lectures de seqüenciació), l'equip ha aconseguit obtindre una visió més realista dels canvis genètics que patix el virus. 

Menys del 60% d'esdeveniments de reparació confirmats

“Utilitzant el repositori de seqüències genètiques GISAID estimem una freqüència molt alta d'estos esdeveniments de reparació de delecions que s'espera que siguen rars”, explica Mireia Coscollá Devís, investigadora de l'I2SysBio que lidera l'estudi. “Ens vam adonar que les seqüències de la base de dades de GISAID estan processades per cada laboratori de manera diferent i contenia molts falsos positius per a esta mena de marcadors. Així, encara que en determinats casos vam poder confirmar que es tractava d'un fenomen real, en la majoria eren conseqüència del processament de les seqüències”, revela.

Així, “vam veure que menys del 60 per cent dels esdeveniments de reparació de delecions es podia confirmar. Encara que no hem pogut quantificar-ho exactament per a tots, podem comprar les proporcions del marcador en diverses bases de dades, i veiem que la diferència és de 5 a 51 vegades menys freqüent del que apareixia en les bases de dades processades”, calcula la investigadora de l'I2SysBio.

Encara que estos esdeveniments de reparació són poc comuns, l'estudi evidencia que, quan ocorren, poden afectar de manera subtil al comportament del virus. “Per exemple, unes certes reparacions poden modificar la forma en què el virus ingressa a les cèl·lules o influir en la resposta als anticossos generats per la vacunació”, assegura Coscollá, alguna cosa que l'equip d'investigació va demostrar mitjançant experiments in vitro.

"Ens vam adonar que les seqüències de la base de dades de GISAID estan processades per cada laboratori de manera diferent i contenia molts falsos positius per a esta mena de marcadors. Així, encara que en determinats casos vam poder confirmar que es tractava d'un fenomen real, en la majoria eren conseqüència del processament de les seqüències", Mireia Coscollá Devís, investigadora de l'I2SysBio

Intercanvi de dades genòmiques de patògens

Així, “la nostra investigació posa en relleu la importància d'examinar detingudament les dades genètiques per a evitar conclusions errònies”, remarca la investigadora de l'I2SysBio. L'Organització Mundial de la Salut (OMS) recomana una política d'intercanvi de dades genòmiques de patògens per a protegir la salut pública. No obstant això, a Espanya no existix una recopilació central de dades de seqüències de patògens humans, animals i ambientals, com tampoc existix una política per a l'intercanvi de dades anonimitzades entre institucions de salut i científiques. Això dificulta el seguiment i la resposta a les malalties infeccioses incloent el seguiment de la resistència als antimicrobians, segons destaquen els investigadors.

El treball ha sigut finançat pel Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats i per la Unió Europea amb fons Next Generation EU/PRTR a través de la PTI+ Salut Global del CSIC. A més, està secundat per la Generalitat Valenciana i el Fons Social Europeu a través de l'ajuda CIACIF/2022/333. El treball computacional es va realitzar en Garnatxa, el clúster de computació d'alt rendiment (HPC) de l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes. 

No et perdes el nostre reel sobre el projecte VIPERA amb Mireia Coscollá  i altres investigadors de l'I2SysBio 

Font: Delegació CSIC Comunitat Valenciana