Es publiquen a Nature Genetics els estudis més complets sobre les variants del coronavirus que van dominar les primeres onades a Espanya, un treball dut a terme pel consorci SeqCOVID, de què formen part més de 50 institucions espanyoles liderades per la Universitat de València, l’Institut de Biomedicina de València (IBV, CSIC) i la Fundació Fisabio.
Un any i mig després de la irrupció de la pandèmia de COVID-19 es publica l’estudi científic més complet sobre les variants del coronavirus que van circular per Espanya durant la ‘primera onada’. L’estudi identifica nou variants de virus que van dominar la pandèmia entre els mesos de març i juny de 2020. Entre elles, les dues més comunes procedien d’un llinatge del SARS-CoV-2 abundant en països asiàtics en aquest moment, encara que el virus va arribar principalment per contactes procedents de països europeus amb més de 500 introduccions, segons l’estudi publicat per Nature Genetics. El treball conclou que el confinament imposat va servir per reduir dràsticament la transmissió d’aquestes variants, fins i tot de les més contagioses, que van ser substituïdes per altres a partir de l’estiu de 2020 quan es van relaxar les mesures de control.
L’estudi va utilitzar 2.500 mostres de pacients diagnosticats a Espanya durant la primera onada de la pandèmia, recollides per 40 hospitals i seqüenciades pel consorci SeqCOVID, un equip d’investigació integrat per més de 50 institucions espanyoles i centenars d’investigadors que lideren la Universitat de València, l’Institut de Biomedicina de València (IBV, CSIC) i la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica de la Comunitat Valenciana (FISABIO). Les mostres analitzades suposen un 1% de tots els casos diagnosticats a la primera onada (el 14% abans del confinament).
L’equip d’investigació va identificar 9 variants de virus (denominades SEC, de l’anglès Spanish Epidemic clades), que van ser les que van dominar aquesta primera onada a Espanya. Dues d’elles (SEC7 i SEC8) van ser les primeres detectades al país i les predominants durant aquest període, i s’associen al menys a dos esdeveniments de superdispersió coneguts: el partit Atalanta-València de la Lliga de Campions i un funeral de Vitòria, tot i que s’identifiquen focus primerencs en altres parts del país. No hi va haver una única introducció de virus a Espanya sinó múltiples entrades independents (almenys 500), des de diferents orígens internacionals. Aquestes es van donar principalment durant febrer i març de 2020, abans de la implementació de les mesures de control.
Els esdeveniments de superdispersión i la mobilitat, clau en les diferents onades
“La majoria d’infeccions de la primera onada abans el confinament a Espanya van ser provocades per soques del llinatge A del coronavirus. Aquestes eren abundants en els països asiàtics en aquell moment, però tenien menys presència a la resta de països europeus, on dominaven ceps de llinatge B. Això no vol dir que les introduccions de SARS-CoV-2 a casa nostra foren majoritàriament asiàtiques. En realitat, veiem que la majoria d’introduccions provenen de països europeus, però els ceps de llinatge A es van establir abans i, gràcies a esdeveniments de superdispersió, es van expandir al nostre país ràpidament”, explica Álvaro Chiner, un dels investigadors del CSIC a l’IBV de València que va participar en l’estudi.
Els investigadors van observar un patró similar per a la variant que va dominar en la segona onada (anomenada 20E (EU1)), que acaben de publicar a Nature. Aquesta variant es va expandir ràpidament a Espanya ajudada per esdeveniments de superdispersió i va acabar dominant la segona onada a Espanya i gran part d’Europa, associada a la mobilitat de l’estiu. “Aquesta és una lliçó que no hem après de l’estiu passat” afirma Fernando González Candelas, catedràtic de la Universitat de València, investigador a l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (UV-CSIC) i en FISABIO, i un dels coordinadors de SeqCOVID.
Confinament eficaç
A més, el treball de la primera onada publicat a Nature Genetics quantifica l’efectivitat de les mesures implementades per al control de virus durant la primera onada. Totes les variants identificades van reduir la seua prevalença i transmissió significativament a partir de l’estat d’alarma. Pràcticament van desaparèixer a la fi de la primera onada i van ser reemplaçades per noves variants que van sorgir a l’estiu, quan es van relaxar les mesures de confinament.
“El confinament va ser altament efectiu per parar la transmissió de virus. No només per a les variants dominants SEC7 i SEC8, sinó per a totes les que circulaven en aquell moment, incloses aquelles que contenien la mutació del gen S anomenada D614G, que va ser la primera que va demostrar incrementar la transmissibilitat del virus”, remarca Mariana López, investigadora del CSIC a l’IBV i coautora de l’estudi.
“Una cosa similar estem veient a través de les onades. Estem detectant variants més transmissibles, però el seu impacte es pot controlar amb les mesures de control adequades. Allà on aquestes mesures no han existit o són més relaxades les variants s’han agreujat els rebrots. Va passar al Regne Unit amb la variant Alpha i està passant a Espanya amb la Delta”, indica Iñaki Comas, investigador del CSIC en l’IBV coordinador de SeqCOVID.
Vigilància genòmica durant les onades següents
Segons l’equip d’investigació del consorci SeqCOVID, els resultats d’aquest treball, així com el de la segona onada publicat recentment a Nature, demostren la necessitat d’incorporar l’epidemiologia genòmica com una eina més de salut pública per rastrejar el virus i identificar les variants de major impacte. “La vigilància activa de mutacions virals ha de continuar per poder avaluar l’amenaça de noves variants amb riscos potencials per controlar l’epidèmia. Aquest és un dels objectius que ens hem posat dins de la Plataforma Temàtica Interdisciplinària de Salut Global del CSIC”, comenta Mireia Coscollá, investigadora de la Universitat de València a l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio, UV-CSIC) i una de les coordinadores de l’estudi.
El treball de SeqCOVID ha contribuït a la creació d’una Xarxa de Vigilància Genòmica Nacional dirigida pel Centre de Coordinació d’Alertes i Emergències Sanitàries (CCAES) i coordinada per l’Institut de Salut Carlos III (ISCIII). Aquesta xarxa està totalment integrada dins de les tasques assistencials dels hospitals.
Article:
https://www.nature.com/articles/s41588-021-00936-6
Article relacionat:
The first wave of the COVID-19 epidemic in Spain was associated with early introductions and fast spread of a dominating genetic variant, Nature Genetics, DOI: 10.1038/s41588-021-00936-6. Hodcroft, E.B., Zuber, M., Nadeau, S. et al., Spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020, Nature (2021).
DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03677-y